نام قدیمی شهر قهدریجان که به نظر برخی محققان این نام از آن جهت گذاشته شده که مردم قهدریجان اغلب کشاورز بوده‌اند و گونه‌های آنها بر اثر آفتاب کدر شده‌است و کدرگون هم به معنی کدرگونه است که هنوز هم در گویش عامه افراد مسن در قهدریجان و روستاهای اطراف این محل را کدرگان (کدر گون) می‌خوانند. در مورد نام کنونی قهدریجان دو نظر وجود دارد.
یکی اینکه نام قدیمی قهدریجان در اصل به صورت کدرگون و به معنی کدرگونه نیست بلکه به صورت کدرگان بوده و به معنی محلی است با خاک تیره و کدر (اتفاقا صحرایی با نام قدیمی سیاهه و کنونی زارچان در شمال قهدریجان وجود دارد که در دوره‌های قدیم سکونتگاه قومی بوده که بعدها بنا بر دلایلی در قهدریجان سکنی گزیده‌اند) و مثل لارگان که گان به جان تبدیل شده، در این لغت یعنی کدرگان نیز چنین تغییری صورت گرفته و به صورت کدرجان درآمده و کثرت استعمال در بیان عوام آن را به صورت قدرجان درآورده‌است و علت استعمال لغت فعلی یعنی قهدریجان به واسطه صحیح نوشتن و صحیح گفتن و از حالت عامیانه خارج کردن لغت قدرجان است.
نظر دوم بدین شرح است که ظل‌السلطان که در زمان قاجار حاکم اصفهان بوده‌است، به جهت شجاعت زیاد مردم قهدریجان و علاقه زیادی که به مردم این محل داشته این محل (کدرگون) را قدرجان نامیده به این معنا که «من مردم این محل را به قدر جانم دوست دارم» و قدرجان به تدریج تبدیل به قهدریجان شده‌است؛ که نظر دوم بیشتر نقل می‌شود و به نظر می‌رسد بیشتر به واقعیت نزدیک باشد.
همچنین گفته می‌شود در بازسازی بنای مسجد بزرگ قهدریجان که قدیمی‌ترین مسجد شهر است نیز سنگ نوشته‌ای یافت شد که از قهدریجان با نام کهدریگان نیز نام برده شده‌است اما اکنون هیچ اثر یا اطلاعی از آن در دست نیست.
قابل ذکر است که قبلاً شهر به صورت قلعه‌ای با چهار دروازه بوده که بعضی نام قهدریجان را با در نظر گرفتن «جان» به عنوان پسوند و «ی» میانوند هم ریشه یا مرتبط با لغت «قلعه» می‌دانند؛ البته این نظر تقریباً هیچ مدافعی ندارد. گمان میرود قهدریجان تازی شده ی واژه کاهداری گان یا کهدرگان باشد که به دلیل کشاورز بودن مردم منطقه، محل جمع آوری و انبار کاه بوده است